Premier semestre

Catalogue de formation : M1 Tronc Commun

 

1er SEMESTRE : Quatre UE (Unités d'enseignement) se décomposant en 2 EC (Enseignements constitutifs) + Une UE "Projet étudiant". Les enseignements de ce semestre sont organisés autour de quatre BCC (Blocs de Connaissances et de Compétences) :

BCC1 - Etudier la biodiversité à différentes échelles et le fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés.

  • En mobilisant des connaissances dans les domaines de l’écologie, de l’évolution, de l’écotoxicologie et/ou de l’écophysiologie
  • En identifiant les composants des écosystèmes étudiés (faune, flore et habitats) par des savoirs naturalistes
  • En identifiant les méthodes d’estimation de la biodiversité
  • En identifiant les flux et les relations entre les composantes (biotique et abiotique)
  • En prenant en compte l’impact anthropique et les changements globaux

BCC2 - Déterminer, développer et appliquer des méthodes et des outils dédiés aux objets biologiques et écologiques.

  • En créant et/ou en identifiant des stratégies de conservation et/ou de restauration des populations d’espèces, des communautés et des écosystèmes
  • En planifiant et réalisant des études expérimentales et/ou de terrain
  • En mettant en oeuvre des outils d’échantillonnage
  • En créant, gérant et exploitant des bases de données
  • En utilisant des systèmes d’information géographique
  • En analysant et interprétant des données écologiques (biostatistiques, bioinformatique, modélisation, etc)

BCC3 - Concevoir, gérer et animer un projet en écologie et/ou évolution

  • En mobilisant des concepts dans le domaine de l’écologie et de l’évolution en lien avec une formation par la recherche
  • En concevant et mettant en oeuvre une démarche scientifique
  • En prenant en compte le contexte normatif et réglementaire
  • En assurant une veille scientifique
  • En évaluant les moyens humains et financiers nécessaires lors du montage d’un projet
  • En communiquant en français et en anglais, de façon adaptée, face à des interlocuteurs professionnels ou académiques

BCC4 - Valoriser sa formation pour construire son projet professionnel

  • En connaissant les milieux professionnels dans les domaines de la formations
  • En identifiant et valorisant ses compétences dans une démarche de recherche de stage et d’emploi

UE ÉCOLOGIE & BIODIVERSITÉ (9ECTS) – BCC1

Écologie continentale :

Objectifs (en termes de savoir-faire) :         

Appréhender les concepts théoriques d’écologie des communautés et assemblages d’espèces,

Les appliquer à quelques communautés animales et végétales terrestres et dulçaquicoles

Intégrer ces notions à un contexte concret et appliqué : gestion des écosystèmes, fonctionnement des écosystèmes et services écosystémiques.

Programme succinct :

Les communautés végétales et animales terrestres et dulçaquicoles : assemblages d’espèces, adaptations, interactions, dynamique.

- Communautés terrestres. Application des notions d’assemblages d’espèces et relation biodiversité fonctionnement des écosystèmes à plusieurs habitats d'intérêt patrimonial (pelouses anthropiques ou climaciques, roselières...). Description des atteintes à ce fonctionnement naturel et déduction logique des grands principes de gestion des habitats à appliquer.

- Communautés des macro-invertébrés benthiques et communautés piscicoles des écosystèmes aquatiques continentaux : systématique, composition, facteurs naturels structurants, adaptations, interactions interspécifiques, fonctionnement/dysfonctionnement par actions anthropiques (modification des tracés, action sur la qualité de l’eau), recommandations en termes de gestion.

Compétences acquises (directes/indirectes) :

- pouvoir faire le lien entre les notions théoriques (abordées dans différents cours) et les connaissances concrètes naturalistes, de terrain, de modalités de gestion des habitats.

- identifier, avec le recul apporté par les connaissances scientifiques, la nécessité et les méthodes de gestion des habitats.

- Compétences indirecte : analyse critique d'un protocole ; questionnement scientifique ; analyse de résultats et découverte de méthodes statistiques.

Écologie marine :

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Appréhender les concepts théoriques d'écologie des communautés, la composition, les interactions et adaptations des communautés animales et végétales marines, à différentes échelles (locale à planétaire) et en prenant en compte les impacts anthropiques et les changements globaux. 

Programme succinct :

Les enseignements académiques porteront pour moitié sur les communautés pélagiques (phyto- et zooplancton) et pour moitié sur les communautés benthiques (phyto- et zoo-benthos). Ces deux composantes des écosystèmes marins seront décrites par le biais des relations biotiques et abiotiques et de leurs adaptations aux milieux et à leurs modifications.

Un projet en groupe sera proposé aux étudiants afin qu'ils s'emparent des connaissances proposées en cours pour réaliser des posters scientifiques sur des thématiques complémentaires. Une session poster sera organisée pour la restitution au groupe de ces travaux.

Compétences acquises :

1) directes : Étudier la biodiversité  à différentes échelles et le fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés, (i) en mobilisant des connaissances dans les domaines de l'écologie et de l'écophysiologie,(ii) en identifiant les flux et les relations entre les composantes (biotique et abiotique) et (iii) en prenant en compte l'impact anthropique et les changements globaux.

2) indirectes : Concevoir un projet en écologie en mettant en œuvre des outils de communication scientifiques adaptés à la Recherche et communiquer en français de façon adaptée à l'écrit comme à l'oral.

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Appréhender les concepts d'écologie, de biologie évolutive, et de géographie sur lesquels s'appuie la biologie de la conservation. Se familiariser avec les approches méthodologiques utilisées pour la conservation des espèces menacées. Analyser et replacer dans leur contexte les résultats d'une publication en biologie de la conservation. Maitriser les principes des méthodes moléculaires de suivi (barcode, ADN environnemental).

Programme succinct :

- Introduction à la biologie de la conservation

- Organisation et évaluation de la biodiversité intraspécifique

- Causes génétiques et démographiques de l'extinction

- Principes des approches de conservation

- Les nouvelles méthodes de conservation : comment l’intégration du concept d’Anthropocène a modifié l’écologie scientifique et la conservation. Renforcement de populations par migration assistée de gènes ; Migration assistée de populations ; Introduction conservatoire (Colonisation assistée et Remplacement écologique) ; « rewilding » d’un écosystème

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Identifier et utiliser les choix stratégiques à effectuer pour la mise en place d'un programme de conservation,

Identifier les conditions d’application des nouvelles méthodes de conservation et les difficultés éthiques

Compétences additionnelles et transversales : compréhension d'un article scientifique en anglais ; analyse critique d'un article ; présentation orale ; rédaction d'un rapport individuel.

UE BIOLOGIE ÉVOLUTIVE & DYNAMIQUE DES POPULATIONS (9ECTS) – BCC1

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Comprendre les mécanismes sous-jacents aux changements évolutifs et les conséquences de ces derniers. Ici sont présentés les aspects directement liés aux processus évolutifs majeurs en microévolution et génétique des populations. Les conséquences écologiques figurent dans l'EC de Dynamique des Population.

Programme succinct :

L’EC introduit les concepts clés concernant l’évolution des populations à effectifs limités, l’importance des flux de gènes en milieu hétérogène, l’adaptation et la sélection naturelle, l’évolution des caractères quantitatifs, la plasticité et les normes de réaction, la sélection de parentèle et l’évolution de la reproduction sexuée. L’étudiant aura des connaissances théoriques et fondamentales dans le domaine des sciences de l’évolution : synthèse néo darwinienne, évolution spatiotemporelle des fréquences de gènes, utilisation d’outils moléculaires, avantages et coûts du sexe, plasticité phénotypique et adaptation locale, apparentement génétique et coopération.

Compétences acquises (directes/indirectes) :

1) Compétences directes :

- Déterminer des structures génotypiques attendues sous divers équilibres de populations.

- Analyser de l’apparentement génétique.

- Estimer les niveaux de différenciation génétique entre populations et les inférences que l’on peut y faire en termes de flux géniques.

- Estimer la taille efficace d’une population par approche directe et indirecte.

- Savoir se forger un jugement sur les notions d’adaptation et de sélection naturelle sur des recherches fondamentales ayant un aspect sociétal et des applications pratiques en termes de gestion de la biodiversité.

2) Compétences indirectes :

- Mettre en œuvre un protocole

- Rédiger un rapport scientifique

- Effectuer des mesures phénotypiques,

- Utiliser les analyses statistiques sous R dans le cadre de la Biologie évolutive

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

1 – Être capable d’identifier et de comprendre les mécanismes écologiques impliqués dans la variation des tailles de populations et des communautés, et de la structure des réseaux écologiques : rôle de l’espace, des interactions intra et interspécifiques, des échelles de temps, importance des différentes sources de stochasticité. On insistera en particulier sur description et la compréhension des nombreuses méthodes et approches existantes, aussi bien théoriques qu’expérimentales.

2 – Apprendre et maîtriser les méthodes d’estimation des tailles de population et de leurs variations, et les utiliser à des fins de gestion des écosystèmes : analyse de viabilité de populations, protection des services écosystémiques, mesurer les effets des perturbations anthropogéniques sur la biodiversité.

Programme succinct :

- Rôle des interactions intra et interspécifiques dans la dynamique des populations et des communautés (compétition, mutualisme, consommation)

- Rôle du hasard (Théorie neutre de la biodiversité et modèle de naissance et mort)

- Dynamique des communautés dans l’espace et méta communautés

- Stabilité des communautés et des réseaux écologiques

- Méthodes d’estimation des tailles de population et des paramètres écologiques (taux de naissance et de mort, taux de dispersion, taux de transition entre états)

- Analyse de viabilité de populations : méthodes et évaluation de la robustesse

- Les relations entre biodiversité et services écosystémiques

- Échelles de temps écologiques vs. évolutives

Compétences acquises (directes/indirectes) :

1) Compétences directes :

- Identifier les mécanismes sous-jacents à l’évolution des systèmes écologiques.

- Appliquer des méthodes expérimentales et de modélisation afin de répondre à des questions écologiques.

- Comparer et choisir les solutions à appliquer dans la gestion des écosystèmes et de ressources naturelles.

- Maîtriser les outils informatiques pour traiter et résoudre les problèmes écologiques

2) Compétences indirectes :

- Comprendre, développer et utiliser les outils adaptés pour traiter des problèmes multidimensionnels.

- Être autonome pour trouver des solutions dans des ressources documentaires variées : littérature scientifique, logiciels, internet.

- Manipuler des outils informatiques permettant l’analyse de données, la modélisation et la résolution de problèmes.

UE OUTILS NUMÉRIQUES (6 ECTS) – BCC2

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Donner aux étudiants des outils performants pour analyser des données biologiques et/ou écologiques provenant d’expérimentation, de la récolte d’organismes et de mesures des paramètres environnementaux obtenues ponctuellement ou en continu via des sondes semi-automatisées. Rendre les étudiants autonomes par la mise en œuvre de ces outils statistiques sur le logiciel libre R.

Programme succinct :

1) les Tests de comparaisons non-paramétriques : conditions d’utilisation, test de normalité d’une distribution, comparaison de 2 et de plusieurs échantillons indépendants et appariés : tests de Wilcoxon-Mann-Withney, de Wilcoxon, de Kolmogorov-Smirnov, de Kruskall Wallis, de Friedman, de Scheirer-Ray-Hare et tests post-hoc associés ;

2) les Analyses des « séries écologiques » : caractéristiques des séries, méthode des sommes cumulées, méthode de décomposition des séries, étude des tendances et de la périodicité (de l’autocorrélation à l’analyse spectrale)

3) les méthodes de Classifications hiérarchiques et d’Analyses multivariées : principes et méthodes fondatrices (ACP, AFC…)

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Compétences directes :

- Utiliser des outils statistiques élaborés (mise en œuvre à partir de base de données biologiques).

- Poser une problématique et choisir les outils adéquats pour y répondre.

- Comprendre et Interpréter les résultats.

- Mettre en forme et gérer des ensembles de données obtenues ponctuellement ou en continu à haute fréquence, dans le temps et/ou dans l’espace.

- Utiliser le logiciel libre R et de ces différents packages statistiques en lien avec le programme : FactoMineR, ADE4, vegan, TTA, stat4, corrplot, mgcv, tree, Ecdat, fpp, Forecast, maps, mapdata, ggplot2, lattice, OCE…

Compétences indirectes :

- Faire appel à des connaissances dans le domaine des mathématiques.

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Initier les étudiants à l’utilisation d’un logiciel libre et généraliste (le logiciel R), très utilisé en écologie, permettant de réaliser des analyses de données approfondies, des tests statistiques avancés, ainsi que des éléments de programmation, de la gestion de fichiers (en lecture et écriture), et la réalisation de figures et graphiques de qualité professionnelle. Cet enseignement est un pré-requis essentiel pour d’autres EC et UEs du Master.

Programme succinct :

1- Les fondamentaux du logiciel R (script, package, fonctions de bases, calculs de base)

2 – Comment formater et lire les jeux de données

3 – Les bases de la programmation sous R (boucle, tests logiques, définition et utilisation de fonction)

4 – Réalisation et exportation de graphiques

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Compétences directes :

- Exploiter un logiciel de gestion et d’analyse de données, et de programmation ;

- Programmer sous R

- Réalisation de graphiques

Compétences indirectes :

- Algorithmique et programmation

- Informatique

-  Initiation aux statistiques et à l’analyse de données

UE ANGLAIS (3 ECTS) – BCC3

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Communiquer en anglais, de façon adaptée, face à professionnels ou enseignants.

Parvenir à un niveau d’autonomie suffisante en Anglais pour travailler sans difficulté en entreprise, en labo ou lors des stages du M2.

Programme succinct :

Les thèmes suivants seront abordés en anglais général au cours des TD :

-  Le changement climatique : causes / conséquences à court et long terme. Impacts sur la faune, flore et l’homme. (Villes, agricultures)

- La sélection naturel

- Animal skills / Animal Behavior

- Biologie marine

Compétences acquises directes :

- Synthétiser un ensemble de documents écrits et Audio-visuels en anglais, sur des sujets techniques vulgarisés, les expliquer et les structurer à l’écrit ou à l’oral.

- Participer et animer un débat ou une discussion en anglais.

- Présenter une réponse précise, claire et détaillée à un problème particulier en anglais

- Synthétiser un dossier et le présenter en anglais

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Réaliser une étude bibliographique sur un sujet proposé par l'équipe pédagogique dans les différents domaines de l'écologie, de l’écotoxicologie et de l'évolution et la présenter sous forme d'exposé oral devant un jury constitué d'un enseignant en anglais et d'un enseignant-chercheur de l'équipe pédagogique. L’étudiant choisi son sujet sur la base d’un article de type « review » effectuant une synthèse et un état de l’art sur une thématique précise avec le conseil d’élargir à d’autres articles traitant du même domaine scientifique.

Programme succinct :

Exemple de thèmes proposés aux étudiants :

-           Évolution de la vie en milieu urbanisé

-           Mutualisme et coopération

-           Systèmes de reproduction et changement global

-           Biologie et génétique de la conservation

-           Déclin des pollinisateurs

-           Relation prédateurs/humains

-           Évolution culturelle et Darwinisme

-           Amphibiens, disrupteurs endocriniens et résistance multixénobiotique

-           Adaptations comportementales chez les larves de crabes brachyoures

-           Effet des microplastiques dans les eaux de ballast.

Compétences acquises directes :

- Synthétiser l’information contenue dans un article de review

- Synthétiser un ensemble additionnel de publications scientifiques en anglais

- Exposer cette/ces synthèse(s) et les expliquer à l’oral.

- Présenter une réponse précise, claire et détaillée en anglais à une question naïve et/ou pointue sur le sujet.

- Synthétiser une problématique et la présenter sous la forme d'un diaporama en anglais.

 

UE PROJET ÉTUDIANT (3ECTS) – BCC4

Contenu à définir en fonction du catalogue de formation de l’Université de Lille.

Second semestre

2d SEMESTRE : Six UE (Unités d'enseignement) se décomposant pour certaines d'entre elles en 3 EC (Enseignements constitutifs).  Certaines EC sont optionnelles. Les enseignements de ce semestre sont organisés autour de quatre BCC (Blocs de Connaissances et de Compétences) :

BCC1 - Etudier la biodiversité à différentes échelles et le fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés.

  • En mobilisant des connaissances dans les domaines de l’écologie, de l’évolution, de l’écotoxicologie et/ou de l’écophysiologie
  • En identifiant les composants des écosystèmes étudiés (faune, flore et habitats) par des savoirs naturalistes
  • En identifiant les méthodes d’estimation de la biodiversité
  • En identifiant les flux et les relations entre les composantes (biotique et abiotique)
  • En prenant en compte l’impact anthropique et les changements globaux

BCC2 - Déterminer, développer et appliquer des méthodes et des outils dédiés aux objets biologiques et écologiques.

  • En créant et/ou en identifiant des stratégies de conservation et/ou de restauration des populations d’espèces, des communautés et des écosystèmes
  • En planifiant et réalisant des études expérimentales et/ou de terrain
  • En mettant en oeuvre des outils d’échantillonnage
  • En créant, gérant et exploitant des bases de données
  • En utilisant des systèmes d’information géographique
  • En analysant et interprétant des données écologiques (biostatistiques, bioinformatique, modélisation, etc)

BCC3 - Concevoir, gérer et animer un projet en écologie et/ou évolution

  • En mobilisant des concepts dans le domaine de l’écologie et de l’évolution en lien avec une formation par la recherche
  • En concevant et mettant en oeuvre une démarche scientifique
  • En prenant en compte le contexte normatif et réglementaire
  • En assurant une veille scientifique
  • En évaluant les moyens humains et financiers nécessaires lors du montage d’un projet
  • En communiquant en français et en anglais, de façon adaptée, face à des interlocuteurs professionnels ou académiques

BCC4 - Valoriser sa formation pour construire son projet professionnel

  • En connaissant les milieux professionnels dans les domaines de la formations
  • En identifiant et valorisant ses compétences dans une démarche de recherche de stage et d’emploi

UE DISCIPLINAIRE BEE (9 ECTS) – BCC1

L'ensemble des trois EC composant cette UE sont obligatoires et communs aux trois parcours

(En construction)

Objectifs (en termes de savoir-faire) :         

Acquérir les connaissances pratiques et théoriques sur l'exploitation et la gestion des écosystèmes littoraux et marins et les impacts anthropiques directes ou indirectes. Ces thématiques seront abordées au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine.

 

Programme succinct :

- Aménagement et gestion des espaces naturels protégés, dont une sortie terrain à la Reserve du Platier d'Oye

- Aquaculture, techniques et impacts, dont une visite Entreprise Aquanord

- Halieutique et conchyliculture, techniques et gestion des stocks

- Exploitation des micro- et macroalgues, dont TP extraction composés d'intérêt industriel

- Indicateurs de pollution, exemple des micro et macro-plastiques, dont TP qualification et quantification sur l'estran

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Compétences directes :

Étudier la biodiversité à différentes échelles et le fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés

- En mobilisant des connaissances dans les domaines de l'écologie et de l'écophysiologie.

- En identifiant les méthodes d'estimation de la biodiversité.

- En identifiant les flux et les relations entre les composantes (biotique et abiotique).

- En prenant en compte l'impact anthropique et les changements globaux.

Compétences indirectes :

Mettre en œuvre des outils d'échantillonnage et exploiter des bases de données.

Appréhender les milieux professionnels dans les domaines de la formation.

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Acquérir des connaissances fondamentales nécessaires à l’étude et à l’évaluation des risques et des effets sur l’environnent de divers polluants dans différents compartiments (sol, air) :

−          Connaitre les sources et le devenir de polluants dans l’environnement

−          Connaitre et comprendre les réponses éco-toxicologiques et adaptatives des organismes/populations/communautés à différents polluants

 

Programme succinct :

Cours

. Introduction et rappels d’écotoxicologie : définitions, typologie et sources des polluants

. 2 thématiques actuelles dans les écosystèmes terrestres et aquatiques

            . Sources

            . Mécanismes d’action / de transfert

            . Effets sur les organismes au niveau de l’individus/population/communauté

            . Réponses des organismes

+Introduction à l’écotoxicologie marine

TD : illustrations des thématiques sous forme de travail en groupe à partir d’études de cas

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Les compétences acquises relèvent du BCC1 (direct) et indirectement participent aux BCC2 et BCC3.

UE PARCOURS BEE (3ECTS) – BCC1

Selon le parcours choisi (ECOREMID, FOGEM, ENGB), une EC obligatoire parmis les trois.

(En construction)

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Acquérir des connaissances pratiques et théoriques sur la structure et le fonctionnement des écosystèmes marins, et étudier la réponse des organismes aux modifications des paramètres abiotiques du milieu pélagique et benthique. Ces thématiques seront abordées au cours d’un stage de terrain au Département Station Marine.

 

Programme succinct :

- Structure de l'écosystème pélagique, dont une sortie en mer sur le N.O. Sépia II (prélèvement et échantillonnage) et TP mesures de paramètres de bases de la colonne d'eau (analyses biologiques et chimiques).

- Écophysiologie du zooplancton, dont TP expérimentation stress thermique sur le cycle de vie des copépodes.

- Écophysiologie de la faune benthique intertidale, dont TP expérimentation écologie thermique.

- Modélisation des réponses physiologiques du phytoplancton au modification des paramètres du milieu, dont TP introduction à la modélisation (logiciel STELLA).

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Compétences directes :

Étudier la biodiversité à différentes échelles et le fonctionnement des écosystèmes naturels et anthropisés.

- En mobilisant des connaissances dans les domaines de l'écologie et de l'écophysiologie.

- En identifiant les flux et les relations entre les composantes (biotique et abiotique).

- En prenant en compte l'impact anthropique et les changements globaux.

Compétences indirectes :

Concevoir et mettre en œuvre une démarche scientifique.

Réaliser des études expérimentales et/ou de terrain en mettant en œuvre des outils d'échantillonnage et en exploitant des bases de données via la modélisation.

 

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Acquérir des connaissances fondamentales et appliquées nécessaires à l’étude et à l’évaluation des risques et des effets sur l’environnent de divers polluants dans différents compartiments (sol, air). Mise en place d’une démarche expérimentale en écotoxicologie appliquée. Analyse et communication de ses résultats.

 

Programme succinct :

Les enseignements (TD, TP, TE) amèneront les étudiants à maitriser et appliquer des méthodes et outils éco-toxicologiques et biologiques pour la caractérisation des effets des polluants sur les organismes de différents milieux. En TP, sera réalisée l’étude d’un biomarqueur d’exposition moléculaire : la métallothionéine (quantification relative du transcrit par QPCR chez une espèce sentinelle animale). Le travail encadré permettra quant à lui, aux étudiants, de créer un support de communication scientifique rigoureux et organisé (poster scientifique) avec une restitution orale des résultats et discussion présentés.

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Les compétences acquises relèvent du BCC1 (direct) et indirectement participent aux BCC2 et BCC3.

UE MÉTHODES EN ÉCOLOGIE (3 ECTS) – BCC2

Une EC optionnelle à choisir parmis les trois EC proposées.

Objectifs (en termes de savoir-faire) :         

Aborder la notion de complexité des écosystèmes dans son ensemble sous deux aspects : i) en amont, la planification et la préparation de l’étude (les stratégies d’échantillonnage), ii) en aval, la capacité de synthèse et de compréhension du fonctionnement d’un écosystème.

 

Programme succinct :

L’UE introduit les questions clés en stratégie d’échantillonnage en écologie, à savoir quand, où et comment faire l’échantillonnage pour réaliser une telle étude en écologie ? Les notions d’hétérogénéité spatio-temporelle, d’échelle (de l’individu à la population, etc.) et les contraintes de l’échantillonnage en écologie seront abordées.

Une initiation aux différentes approches de modélisation en écologie avec un focus sur la modélisation individu-centrée est également proposée plateforme informatique MOBIDYC). Les TP sont dédiés au volet de modélisation basée sur un outil informatique d’aide à la modélisation développé avec les systèmes multi-agents.

Un projet tutoré en groupe est proposé aux étudiants. Les thèmes possibles seront présentés au cours de la première séance du cours et ceci afin d’avoir une idée sur les sujets possibles et la philosophie globale de cet exercice pédagogique. Les sujets sont relativement très ouverts et doivent cibler une question/problématique environnementale. Les étudiants participent activement au choix de leurs sujets. Ces étapes de sélection et de validation des sujets sont très importantes et représentent une originalité de ce projet tutoré en comparaison avec des études bibliographiques classiques (avec des sujets prédéfinis).

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

- Proposer une démarche scientifique pour répondre à une question écologique et identifier les enjeux

- Identifier les échelles spatiotemporelles caractéristiques des variables étudiées.

- Élaborer des stratégies d’échantillonnage, estimer l’effort d’échantillonnage optimal et analyser les contraintes imposées par le cadre de l’étude.

- Travailler en équipe pour traiter un projet commun et mettre en oeuvre la démarche de formation de groupe pour traiter un sujet environnemental ouvert

- Communiquer à l'écrit et à l'oral avec des formats courts et pertinents.

- Utiliser des connaissances théoriques pour aborder un sujet environnemental avec un esprit critique

 

L’ensemble des cours se déroulent en anglais (EC commune avec le Graduate Program)

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

- Savoir identifier et formuler clairement une question scientifique en écologie

- Savoir mettre en place un protocole expérimental en adéquation avec la question posée et avec les contraintes logistiques liées au modèle biologique.

- Savoir choisir et mettre en œuvre les outils statistiques appropriés au regard d’un jeu de données et d’une question scientifique

 

Programme succinct : En début de semestre, les étudiants recevront une formation sur la mise en place de protocole expérimental, ainsi que sur la manipulation de jeux de données et l’utilisation d’outils statistiques. Dans un deuxième temps, chaque étudiant se verra assigner une question scientifique en écologie et devra imaginer dans les détails un protocole expérimental pour y répondre. Finalement, chaque étudiant se verra confier un jeu de données réel correspondant à la question écologique, qu’il devra analyser pour répondre à la question initiale.

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Directes :

- Manipuler en jeu de données en écologie (mise en forme, production de graphiques, analyses statistiques) à l’aide de différents logiciels (tableur Excel et R)

Indirectes :

- Présenter une démarche scientifique dans un document de synthèse et à l’oral

- Développer son sens critique en évaluant la qualité du protocole expérimental / des analyses d’autres étudiants

L’ensemble des cours se déroulent en anglais (EC commune avec le Graduate Program)

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Amener les étudiants à mettre en application les concepts de génétique évolutive enseignés au cours des UE précédentes (M1-S1 et licence) au travers de travaux pratiques menant à l'acquisition, l'analyse et l'interprétation de données expérimentales d'écologie moléculaire.

En termes de connaissances acquises, cette EC conduit à l’approfondissement des connaissances sur les concepts associés à la définition de stratégies d'échantillonnage, à l'impact des processus de dérive génétique et de flux géniques, à l’approfondissement des connaissances sur les méthodes d'analyse de données moléculaires, et à l’initiation au développement et au suivi d'un projet de recherche.

Programme succinct :

Les étudiants auront à mener un projet d'analyse en génétique des populations parmi plusieurs projets proposés ci-dessous :

• A data set including spatially structured populations of the land snail Helix aspersa (Cornu aspersum) sampled along a roadside in Britanny (Western France) and genotyped using both allozymes and microsatellite loci.

• A data set including a set of populations of the invasive shore crabs Hemigrapsus sanguineus, located along the coastline of north-western France and genotyped using microsatellite loci.

• A data set of 4 populations of the sea beet (Beta vulgaris ssp. maritima), located along French and Swedish coastlines, and genotyped using microsatellite loci.

• A data set of populations of a pioneering Amphibian species (Pelodytes punctatus) located in a post-industrial fragmented habitat in northern France, and genotyped using microsatellite loci.

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Définition et acquisition d'un échantillonnage biologique pour répondre à une question scientifique ;

- Utilisation de technique de biologies moléculaires utilisées en écologie évolutive (extraction d'ADN, PCR, génotypage, séquençage) ;

- Utilisation d'outils statistiques d'analyse de données moléculaire ;

- Interprétation et restitution de données scientifique et de résultats d'analyse ;

- Compétences additionnelles et transversales : utilisation d'outils bio-informatiques (lecture de manuel d'utilisation, préparation de fichiers d'entrée, lecture de fichier de sortie), lecture critique d'articles scientifiques, communication scientifique.

Cette UE prépare donc à l'entrée dans le monde académique de la recherche scientifique. La capacité à mener un projet de recherche est aussi une compétence recherchée par le domaine privé. La pratique d'outils moléculaires peut aussi être un avantage pour une orientation vers le monde privé.

 

UE SYSTÈME D’INFORMATION GÉOGRAPHIQUE (SIG) APPLIQUÉ À L’ÉCOLOGIE (3 ECTS) – BCC2

(En construction)

UE DROIT DE L’ENVIRONNEMENT (3 ECTS) – BCC3

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Découvrir les rôles du Droit de l'environnement face aux enjeux environnementaux.

Connaître des bases du droit de l’environnement et ses outils de manière à comprendre les enjeux et à pouvoir interagir avec différentes parties prenantes dans une activité de préservation de l'environnement et de la nature.

 

Programme succinct :

Face aux enjeux environnementaux, quel est le rôle du Droit de l'environnement ? L'objectif du module est de mieux le connaître pour être plus efficient dans notre préservation de l'environnement et de la nature : la constitution du Droit de l'environnement depuis les années 1970, ses grandes lois, ses principes d'action (prévention, précaution, pollueur payeur...) et méthodes, ses nombreux acteurs (publics et privés, internationaux et européens) et ses principaux outils (étude d'impact, enquête publique, documents d’urbanisme).

Droit de l'Air, de l'Eau, du Sol. Droit des Installations Classées pour la protection de l'environnement (activités polluantes), des déchets, des carrières et du Bruit, du Littoral. Principaux outils de protection et de gestion des espaces naturels... dans un contexte sans cesse renouvelé par de nouvelles Lois. Un droit et des outils à connaître dans toutes les activités liées à la préservation et la protection de l’environnement et de la santé.

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

Concevoir et gérer un projet de conservation en sachant :

- Appréhender un texte de loi

- Utiliser un Code juridique

- Organiser ses connaissances en matière de droit de l’environnement

- Savoir se forger un jugement sur les principes et outils du droit de l’environnement

Animer un projet de conservation ou restauration en

- Prenant en compte le contexte normatif et réglementaire

- En communiquant en français, de façon adaptée, face à des interlocuteurs professionnels ou académiques

 

UE STAGE PROFESSIONNEL (9 ECTS) – BCC4

Objectifs (en termes de savoir-faire) :

Acquérir une expérience de travail en entreprise publique ou privée, en milieu associatif ou dans un laboratoire de recherche, sous la responsabilité d'un maître de stage. Immersion dans le milieu professionnel de la recherche scientifique ou celui de l'étude et de la gestion des écosystèmes naturels et anthropisés. Apprentissage de la rédaction d'un rapport d'activité comprenant notamment l'analyse statistique et l'interprétation des données obtenues.

 

Programme succinct :

L'étudiant suit un stage de 2 mois dans une structure d'accueil, et doit y effectuer des travaux en lien avec l'écologie, aussi bien d'un point de vue recherche que gestion des milieux naturels. Au cours de ce stage, l'étudiant doit définir une problématique, en accord avec son maître de stage et le responsable de l'UE. Il devra pendant son stage y répondre en mettant au point un protocole adapté, en acquérant et analysant des données, et en interprétant les résultats. Il rendra enfin compte de son stage à travers la rédaction d'un rapport puis d'une soutenance orale.

 

Compétences acquises (directes/indirectes) :

1) compétences directes :

- Expérimenter les milieux professionnels dans les domaines de la formation.

- Identifier et valoriser ses compétences dans une démarche de recherche de stage et d’emploi.

- Mettre à l'épreuve son projet professionnel.

2) compétences indirectes :

- Reformuler le travail, le synthétiser et développer une argumentation.

- Retransmettre l'étude de manière écrite et orale sous un format scientifique.

- Effectuer une recherche bibliographique et acquérir des données en laboratoire et/ou sur le terrain.

- Analyser les données, notamment par des méthodes statistiques et interpréter les résultats.